金源同意这一主张，叫萧防判即刻修书一封，派专差前往龙门洞召请丘处机到府衙任职。丘处机见信后付之一笑，提笔写了一首诗让公差转给金源与萧防判。其诗曰：“俄闻宠命发汧阳，便欲安闲卧陇西。黄鹄不思千里举，白云犹恋故山栖。

金知府和萧防判见以官位不能动摇丘处机为自己所用，就又在一起谋划如何整治他。他们给朝庭上了一道奏章，说丘处机在陇州依仗道术以下欺上，并说丘处机收了许多门徒，有图谋不轨迹象。

此时，咸阳府也奏报说马丹阳在关中发展门徒几千人，“恐有‘黄巾’之变。”金世宗与大臣们商议，有人建议应立刻禁止全真教；有人则认为不宜激化民族矛盾。最后世宗听了太师“擒贼先擒王”的主张：先把马丹阳遣返回乡，若对方不从，即以抗旨为由予以禁止。

马丹阳奉旨东归。临行前嘱咐其弟子——京兆长安府的夹谷元帅，向朝廷保请师叔丘处机来重阳庵主持庙务。丘处机接到保请令后，带着赵虚静等回到户县。他用三年时间重建了师父旧庵，并改名为“祖庵”。后来此地即以“祖庵”为名，即今陕西户县祖庵镇。

这年春夏之交，陕西关中地区大旱，关中各州府县官员率领郡民祈雨，多日无效。这日，丘处机亲赴咸阳府衙，自言：“能祷来三日甘霖，普救万民。”州官大喜，命他带弟子们到咸阳城中设坛祈雨。